Наглая рыжая морда после одного из последних обновлений стала вывалиться в таймаут на долгих операциях (например, дамп базы через phpmyadmin - в общем, все тяжелые по времени штуки). Оказывается, начиная с 29й версии был введен таймаут для ожидания ответа сервер равный 5 минутам по умолчанию.